Sebelum ke Borneo FC pada 2019, Javlon Guseynov berseragam FK AGMK Olmaliq. Dia mengantarkan klub Liga Super Uzbekistan itu menjuarai Piala Liga edisi 2018.
Di Borneo FC, Javlon telah mencatatkan 53 penampilan di Liga 1 selama tiga tahun (2019-2022). Dia juga menyumbangkan tiga gol, masing-masing dua di 2019 dan satu di 2020.
