Perseman Manokwari gagal melangkah karena berada di urutan buncit Grup A. Dua tim yang melaju ke babak 32 besar Liga 3 2021 adalah Persikota Tangerang (juara) dan Persikasi Kab. Bekasi (runner-up).
Babak 32 besar Liga 2 2021 akan dimulai pada Rabu (16/2/22). Persikota masuk Grup Q bersama Belitong FC, Persikab Kab. Bandung, dan Persikutim Kutai Timur, sedangkan Persikasi di Grup R bareng Karo United FC, Putra Delta Sidoarjo, dan Persida Sidoarjo.
