Jika ditelusuri, Fakhri Husaini baru pernah melatih tiga klub lokal sepanjang kariernya, dan ketiga klub itu juga memiliki kesamaan, yakni berasal dari Provinsi Kalimantan Timur.
Klub pertama yang ia besut ialah Bontang FC, sekitar 2010-an lalu, dan klub kedua ialah Persiba Balikpapan di 2021 lalu, saat tampil di kompetisi Liga 2
Kemudian, Fakhri Husaini menjabat sebagai pelatih Borneo FC di putaran kedua Liga 1 2021-2022, menggantikan pelatih asing Risto Vidakovic yang hengkang ke tim Malaysia.
Namun, tepat sebelum kompetisi Liga 1 2021-2022 berakhir, hanya menyisakan satu laga terakhir, Fakhri Husaini justru dipecat oleh manajemen Borneo FC.
