Punya potensi di usia muda, bakat Joanderson pun tak luput dari pantauan Timnas Brasil terutama di kategori junior.
Tercatat, Joanderson pernah memperkuat Timnas Brasil di level U-17, bahkan dirinya mewakili tim untuk tampil di Piala Dunia U-17 tahun 2013 silam.
Dalam turnamen tersebut, Joanderson mampu mencetak gol saat Timnas Brasil U-17 menghadapi Uni Emirate Arab pada babak penyisihan grup.
Secara total, Joanderson bermain sebanyak dua laga buat Timnas Brasil U-17 dan cuma bisa menorehkan satu gol.
Prestasi terbaiknya adalah membawa skuat muda Tim Samba lolos ke perempat final Piala Dunia U-17 tahun 2013.
