Meski dikenal sebagai pengkritik Shin Tae-yong, PSSI bisa memanggil Fakhri Husaini untuk mendampingi Timnas Indonesia U-23 di SEA Games 2023 mendatang.
Meski kurang beruntung bila berkarier di klub, namun Fakhri Husaini memiliki prestasi mentereng ketika menukangi Timnas Indonesia U-16.
Di tangan Fakhri, Timnas Indonesia U-16 merengkuh satu gelar bergengsi yakni Piala AFF U-16 2018 dan dua trofi turnamen Turnamen Jenesys 2018 dan Tien Phong Plastic Cup 2017.
