Pemain kontroversial satu ini ternyata juga pernah berselisih dengan Jose Mourinho. Ibrahimovic mempunyai masalah dengan Mourinho ketika dirinya berada di Inter Milan pada musim 2008/2009.
Saat itu Mourinho sempat memberi tahu bahwa Ibrahimovic bermain terlalu menyerang dan tidak mempedulikan kerja sama tim dengan suara agak keras.
Ibrahimovic pun mengatakan kepada Mourinho bahwa dirinya merasa dia adalah pemain yang mampu menciptakan banyak gol dan tidak perlu menjadi pemain bertahan untuk membantu pertahanan. Saat itu memang Ibrahimovic adalah pemain yang mampu menciptakan gol dalam ajang Serie A dengan torehan 25 gol.
Ibrahimovic pun sempat menyinggung dirinya akan pindah musim depan dan tidak ingin dilatih oleh pelatih kelahiran Portugal tersebut. Jose Mourinho pun memberikan lampu hijau kepada Ibrahimovic untuk meninggalkan Inter dan bergabung bersama Barcelona.
Sayangnya pada musim 2009/2010 Inter Milan menjuarai 3 piala bergengsi yaitu Liga Champions, Liga Serie A, dan Piala Liga Serie A.
